Черепашки живут в отдельной реальности, не связанной с мультсериалом напрямую. Команда попадает в передряги по всему свету и за его пределами: серия выходила в Archie Comics с августа 1988 по октябрь 1995 года и была построена как отдельная реальность, не пересекающаяся с другими историями о черепашках. Черепашек ждут международные приключения — Южная Америка, Азия, космос за пределами Земли, а также путешествия во времени в обе стороны. Постоянный противник — Шреддер и его союзники, но с середины серии авторы уходят от простых стычек к более сложным сюжетам. После пятого выпуска тон меняется: команда сценаристов увела комикс от мультсериала в собственные сюжетные арки с социальными, экологическими и зоозащитными темами, введя новых персонажей разных рас и происхождений — людей, мутантов, пришельцев и других антропоморфных существ. Читается это не как детский боевик, а как приключенческая фантастика с совестью — местами наивно, местами неожиданно серьёзно, будто смотришь субботний мультфильм, который вдруг заговорил о настоящих проблемах.